Della architettura domestica siceliota in genere si può solo tracciare un quadro incompleto e provvisorio, perché solo di recente l'archeologia si è interessata alle realizzazioni più fragili e più umili della vita domestica. A Selinunte i materiali adoperati per la casa furono quelli che forniva ed imponeva il luogo stesso; nel periodo più antico ognuno costruiva la propria casa senza disporre necessariamente di una tecnica particolare; con il tempo, le case di Selinunte conobbero, per forme e decorazione, la stessa evoluzione che si ritrova in tutto il mondo siceliota.
Dalla capanna absidale alla casa greca
Quando i Megaresi lasciarono la Grecia nell'VIII secolo a.C., l'unità abitativa che conoscevano era ad abside, isolata, ma che andava scomparendo, sostituita dalla casa quadrangolare tendente a raggrupparsi con le altre. A Selinunte, a Manuzza, sono state portate alla luce le vestigia di una casa anteriore allo stanziamento dei Greci, di forma absidale, con muri costruiti a secco con ciottoli.
Nel quartiere di Manuzza sono state identificate due case che risalgono alla fine del VII secolo a.C.; gli ambienti erano allineati perpendicolarmente all'isolato e aprivano a sud su un cortile. È probabile che, dalla fine del VII secolo, la casa a Selinunte comportasse tre-quattro stanze aperte sul cortile e altri vani disposti sull'altro lato dello stesso; tale era certamente a partire dalla prima metà del VI secolo a.C. Nel VI secolo la casa si ingrandì e si allineò sul bordo della strada: le case portate alla luce sull'acropoli si presentano perpendicolari al grande asse nord-sud, con le facciate allineate sulle strade est-ovest, sulle quali hanno l'ingresso, mentre a sud si delinea lo spazio del cortile.
Nel V secolo la pianta non sembra aver subito importanti modifiche; a partire dalla metà del secolo si ammette l'esistenza di case a due piani. Sull'acropoli è stato scoperto un complesso abitativo dell'inizio del V secolo a.C.: l'ingresso era sulla strada principale nord-sud e, attraverso uno stretto corridoio, conduceva a un cortile dove sono stati identificati una fornace, una fossa piena di ceneri, un pozzo e un'area di lavoro con molte scorie di ferro. I muri esterni erano fatti di grossi blocchi isodomi, mentre i muri interni presentavano una base di blocchi con un elevato in mattoni crudi.
Dopo la metà del V secolo dovettero apparire alcune case lussuose, di dimensioni nuove, con un sistema architettonico e decorativo che comparve nello stesso momento che in Grecia, mentre la maggior parte delle abitazioni dovettero essere piccole e modeste, con muri in pietra secca o in mattoni crudi, battuti di calcare o arenaria pressata, tetti in legno o canne e tegole, o a terrazzo.
L'abitato punico
Attraverso gli scavi recenti (1967-1969 e 1973-1976) s'è accertato che il sito urbano, che copriva un'area vastissima in epoca arcaica e classica, si restrinse, al momento della ricostruzione della fine del IV secolo a.C., nei limiti dell'antica acropoli. La zona del porto e il quartiere di Manuzza furono abbandonati dopo la distruzione del 409 a.C.; sulla collina orientale di Marinella rimasero solo alcune piccole costruzioni raggruppate attorno alle rovine dei templi. La città fu ricostruita dai Cartaginesi, entratane in possesso per via dei trattati del 339 e del 316 a.C., insieme con tutto il territorio situato ad ovest del fiume Aliko. Così un abitato punico si sovrappose all'abitato greco.
La pianta della casa non subì radicali modifiche: l'ingresso poteva essere sia sulla strada principale che sulle vie secondarie; un corridoio stretto dava accesso al cortile sul quale aprivano tutte le stanze. Normalmente il cortile era semplice, senza portico (in un solo caso è stato accertato un portico su tre lati con un fregio dorico). La pavimentazione del cortile era lastricata o di terra battuta, e nel cortile c'erano pozzi o cisterne ovali.
La casa comprendeva piccoli ambienti; accanto alla cucina c'era spesso un bagno con vasca a semicupio; il forno era nella cucina o nel cortile; i pavimenti degli ambienti erano di terracotta pressata con, inseriti, cubetti di pietra bianca. I muri erano rivestiti di stucco dipinto. Alcune scale, anche se mal conservate, permettono di affermare che alcune case comportavano un primo piano.
Notevole fu, nel periodo punico, l'evoluzione delle costruzioni realizzate lungo il grande asse nord-sud dell'acropoli: in una prima fase botteghe o officine comunicanti con le case retrostanti; in una seconda fase le case vennero completamente isolate da un muro interno parallelo alla strada, così che le botteghe davano solo sulla strada e le case solo sul cortile interno. La strada nord-sud divenne così una via essenzialmente commerciale, con marciapiedi di pesante lastricato sui lati, venendo a somigliare più a un "souk" orientale che a una via dei centri commerciali delle città greche contemporanee.