Era

Figlia di Crono e di Rea, è la ninfa della fertilità. Anche col culto di Era (non menzionata nella grande iscrizione, ma rappresentata nelle metope del suo tempio, il cosiddetto tempio E) i Selinuntini si rifecero alla tradizione argiva — il suo tempio più famoso sorgeva presso Argo già nell'età eroica, associata anch'essa al periplo creto-peloponnesiaco. I santuari consacrati ad Era sorgevano generalmente fuori dello spazio urbano delle città sicelliote, perché questa divinità proteggeva la città e segnava la presa di possesso di un territorio. È accertato che, fin dalla nascita della colonia, un "Heràion" (E1) sorse sulla collina orientale, appunto fuori dello spazio della città, nella stessa area dove oggi si vede l'Heràion ricostruito (E2).

La costruzione di questo Heràion era significativa e simbolica, in quanto Era appariva come la dea protettrice dei Greci di Selinunte contro Afrodite, protettrice dei Troiani, dai quali gli Elimi di Segesta vantavano la loro discendenza: e si sa come uno dei motivi centrali della storia di Selinunte fosse la sua rivalità con Segesta.

Zeus

Figlio di Crono e di Rea, è il signore degli dei e dell'universo. L'importanza precipua del culto di Zeus è documentata dalla sua presenza in questa colonia già fin nei primi tempi della sua esistenza e dall'esservi stato venerato con triplice connotato.

Come Zeus Meilichios (= benigno), gli venne riservato un recinto, i cui resti si notano nella parte NE del santuario della Malophoros, che risale alla fine del VII o all'inizio del VI secolo a.C., e l'arcaicità del recinto è attestata da depositi votivi seppelliti nella sabbia accanto all'altare e segnalati da stele senza nessuna lavorazione. Che questo Zeus fosse considerato, secondo la religione preolimpica, come dio dell'oltretomba, si può evincere dalla scelta di questo luogo periferico per il suo culto, a sottolineare il rapporto con la necropoli che si estendeva a NO (ora detta di Manicalunga-Timpone Nero).

Lo Zeus citato per primo nella grande iscrizione, al quale soprattutto i Selinuntini attestano la loro devota gratitudine, dovette essere quello Olimpio. Si sostiene recentemente che il più grande dei templi — qual'è appunto il tempio G, nel quale peraltro l'iscrizione venne rinvenuta — fosse dedicato alla maggiore delle divinità olimpiche, tenuto conto che questo tempio venne costruito in epoca classica (V secolo a.C.), in clima di religiosità classica panellenica. Infine, secondo le fonti storiche, anche come Agoràios (protettore dell'assemblea) Zeus venne venerato dai Selinuntini, che gli dedicarono un altare presso il quale il popolo massacrò il tiranno aristocratico Eurileonte, che vi si era rifugiato.

Apollo

Figlio di Zeus e della dea Leto (che sollevava il cuore degli uomini dal dolore) e gemello di Artemide. Apollo è considerato la divinità solare per eccellenza, dio di tutte le cose belle, musica, arte, poesia, e inoltre guidava e proteggeva le muse, i viandanti e i marinai. Era considerato il profeta di Zeus per le sue facoltà divinatorie. Come dio solare portava anche il nome di Febo.

I Dori, sin dai tempi più antichi, celebravano nel nome di Apollo la loro unità, forse un Apollo guerriero. Ma l'Apollo di Selinunte è assai probabilmente quello ionico (anche gli Ioni rinnovavano periodicamente a Delo la loro unità nel culto di Apollo), come è documentato da una delle metope più antiche della polis, quella dove il dio è accompagnato (Triade delfica) da Leto e da Artemide, che erano al suo fianco quando oltrepassò l'Egeo e conquistò Delfi, seguendolo fino in Sicilia. Tale metopa e le dediche ad Apollo rinvenute intorno al tempio C permettono di affermare che questo tempio era dedicato ad Apollo Archegetes, cioè protettore della città (come era protettore di Megara Nisea).

Se, poi, ad Apollo era dedicato, come fu per molto tempo opinione prevalente, il tempio G doveva essere senza dubbio Apollo Pitico, mentre l'Apollo Archegetes regnava sull'acropoli (tempio C). Sentiti risultano i legami etico-religiosi di Selinunte col santuario pitico; tant'è che fra i sottoscrittori del tempio di Apollo in Delfi appare, ancora per l'anno 363 a.C., una Aiskhylis selinuntina per due dramme.

Eracle

Figlio di Zeus ed Alcmena, è l'eroe più popolare e più celebre della mitologia classica, chiamato Ercole dai Romani. Il nome Eracle, dal significato "Gloria di Era", gli fu attribuito da Apollo per sottolineare come le celebri fatiche da lui compiute avrebbero segnato il trionfo della Dea.

Il culto di Eracle a Selinunte denota la volontà della colonia megarese di sottolineare la filiazione di alcuni culti religiosi in rapporto a quelli della metropoli, e nel contempo la sua volontà di affrancarsi di fronte alla stessa. Fra tali culti, quello di Eracle venne prescelto come uno dei più atti a garantire la migliore protezione alla nuova città. Per giustificare la sua espansione verso l'alta valle del Belìce, Selinunte vi fece sorgere un santuario dedicato ad Eracle, dove dovette essere venerata la sua immagine di dio-eroe; in virtù della sua natura divina, Eracle penetrò nella zona occidentale della Sicilia, dove prese possesso nel cuore del territorio punico della cittadella di Erice, assimilando il culto di Melkart.

Il ruolo politico di Eracle e dei suoi santuari nella penetrazione selinuntina nell'occidente dell'isola è confermato anche dall'abbondanza di monete coniate con la sua effigie nella città e in quelle ellenizzate di questa stessa parte dell'isola. Il culto selinuntino di Eracle, l'eroe della stirpe dorica, documentato anche dalle sue espressioni iconografiche nelle metope di Selinunte, prova indiscutibilmente i legami con Megara di Grecia e, al di là di essa, con Argo, capostipite di Megara Nisea: infatti l'Eracle di Selinunte era venerato (come ad Argo) come dio ed eroe, nato da Alcmena e Zeus, ma nel contempo era ricollegato, per l'apporto creto-peloponnesiaco, all'Eracle di Creta, quello della lotta contro il toro del ratto d'Europa raffigurato in una delle più antiche metope selinuntine.