Sull'acropoli sorgono il Tempio A ed il Tempio O: il primo è un periptero esastilo di 40,23 x 16,23 metri ed aveva due scalette circolari fra il pronao e la cella (sopraelevata di un gradino rispetto al pronao) che portavano sul tetto — il primo esempio di scala a chiocciola nell'intera storia dell'architettura.

Solo un attento studio delle rovine, molto dissestate, dei suoi elementi permette di affermare che il Tempio A, costruito intorno alla metà del V secolo a.C., era il tempio classico più armonioso e perfetto di Selinunte. Un occhio sensibile può tuttavia apprezzare la bellezza classica delle precise forme delle membrature architettoniche, specialmente dei capitelli, nonostante l'avanzato stato di corrosione.

Nel tempio, di dimensioni complessivamente moderate (stilobate 16,23 x 40,24 m.), le colonne sono disposte nel rapporto 6/14, ormai canonico per i templi greci d'occidente, con interassi standard di uguale misura sia sulla facciata sia sui lati, racchiudendo la cella in perfetta simmetria. Per risolvere il problema d'angolo dell'ordine dorico classico — dovuto al fatto che all'angolo i triglifi non possono coincidere assialmente con le rispettive colonne — gli interassi delle colonne più vicine all'angolo si contraggono gradualmente. Le colonne, inoltre, erano leggermente inclinate verso l'interno del tempio, un accorgimento ben noto nei templi classici della Grecia stessa.

Sul pavimento del pronao sono stati ritrovati i segni di Tanit, del caduceo ed una testa di toro circondata da foglie di alloro. Ad est sono stati rinvenuti i resti di un edificio con pianta a T, forse un'ara o i propilei del tempio.

Il tempio creava un'unità architettonica con il suo grande altare che, a sua volta, è il più complesso esempio di questa tipologia in epoca classica: l'altare stesso è una piccola riproduzione di tutte le forme del grande tempio periptero. La mensa dell'altare era racchiusa da un colonnato con trabeazione dorica completa; l'intera struttura si elevava dai relativi gradini e due interi frontoni fungevano da lati dell'altare. Solo il lato rivolto verso il tempio era interrotto dall'ampia scalinata necessaria alle funzioni di culto.