L'edificio è di piccole dimensioni, 8,40 m. x 4,60 m., di tipo prostilo tetrastilo, con 4 colonne ioniche e trabeazione dorica. L'interno costituito da un pronao e da una cella, che ancora conserva il basamento della statua di culto, era decorato da uno spesso strato di stucco sul quale ancora si conservano tracce di una interessante policromia.
Il tempietto, preceduto da un altare di forma quadrata, è comunemente noto come tempio di Empedocle. Tale dedica venne data nel 1824 dall'Hittorff, scopritore e primo illustratore dell'edificio dalla ricca policromia, che lo suppose dedicato dai Selinuntini al filosofo agrigentino che, avendo dragato le acque stagnanti di uno dei fiumi della città, pose fine alle fetide esalazioni pestilenziali causa di ricorrenti epidemie.
La mescolanza di tanti stili assegna l'edificio alla tarda epoca classica o al primo ellenismo (IV secolo a.C.), quando Selinunte era in mano punica; per questo dobbiamo considerarlo il monumento di tipologia greca più rappresentativo del nuovo ambiente culturale. Da scartare è l'ipotesi che il piccolo tempio fosse un heroon d'Empedocle, bensì dobbiamo considerarlo dedicato a un culto ellenico assorbito dai Cartaginesi, come quello di Demetra, molto probabilmente venerata nel megaron retrostante, o di Asclepio-Eshmun.
Il Tempio di Hittorff
Il Tempio B è uno dei più importanti esempi di architettura sacra in Sicilia ellenistica, e la sua posizione all'interno del santuario urbano principale di Selinunte è particolarmente importante, posto accanto al Tempio C, il vecchio, venerabile tempio di Apollo. Anche se il Tempio B fu eretto in un momento in cui Selinunte era sotto il controllo cartaginese e abitata da una popolazione mista greca e punica, appare come un edificio di culto puramente greco. Il Tempio B rappresenta una delle pietre miliari nella riscoperta moderna della policromia dell'architettura antica: per questo è anche chiamato "Il Tempio di Hittorff", dal nome dell'architetto franco-tedesco Jacob Ignaz Hittorff, le cui teorie sul ruolo della policromia nell'antica architettura greca erano basate in gran parte proprio sullo studio di questo edificio.
Gli scavi nella zona del Tempio B
Prima dell'inizio degli ultimi scavi, condotti dall'équipe del prof. Clemente Marconi dell'Institute of Fine Arts dell'Università di New York, si era ipotizzato che la base si trovasse a pochi centimetri sotto il livello corrente di terra. Contrariamente a questa ipotesi, gli scavi hanno rivelato la presenza di un significativo numero di strati archeologici integri tra il livello corrente di terra e la roccia, che in alcuni luoghi si trova ad una profondità di 2,50-3,00 metri: una sequenza stratigrafica coerente e imponente che va dal periodo tardo classico fino all'età del bronzo.