Tommaso Fazello (1558)
Lo storico siciliano Tommaso Fazello (1498–1570) fu il primo a identificare e descrivere scientificamente le rovine di Selinunte nella sua opera De rebus Siculis (1558).
Harris e Angell (1823)
Nel 1823 gli architetti inglesi William Harris e Samuel Angell condussero i primi scavi sistematici, portando alla luce le celebri metope del Tempio C. Tentarono di portare le metope al British Museum, ma le autorità borboniche bloccarono il trasferimento.
Hittorff e Zanth (1824)
L’anno successivo l’architetto francese Jacques Hittorff con Ludwig Zanth scavò il Tempio B, teorizzando per la prima volta la policromia dei templi greci.
Gli scavi italiani (XIX–XX sec.)
Fra il 1865 e il 1874 scavò a Selinunte il palermitano Francesco Saverio Cavallari. Fra il 1915 e il 1926 Ettore Gabrici scavò sistematicamente il Santuario della Malophoros. Nel 1925–1927 Pirro Marconi riportò alla luce il piano di Manuzza.
Gli scavi moderni
A partire dagli anni ’60 del ’900, missioni italiane, francesi e americane hanno condotto scavi sistematici su tutta l’area. Nel 1959 fu eseguita l’anastilosi del Tempio E. Gli scavi continuano ancora oggi su Manuzza e nelle necropoli.