Insediamento, fondazione e soprattutto il processo di urbanizzazione di Selinunte, colonia secondaria di Megara Iblea, vengono qui presentati diacronicamente, tenendo conto della dinamica dei tre momenti del complessivo fenomeno.
Gli scavi archeologici hanno dimostrato che i Megaresi occuparono un'ampia zona del sito dove poi sorse la polis: già alla fine del VII secolo a.C., avevano occupato l'acropoli, la pianura di Manuzza (l'una e l'altra su una lunga dorsale fra due vallate che consentivano la penetrazione nelle alte terre dell'interno), il sito dove ora sono i resti del santuario della Malophoros (ad ovest della dorsale, oltre il Selinos-Modione), la fonte del Selinos, e la collina orientale.
Quanto alla data di fondazione, ceramica della metà del VII secolo a.C., rinvenuta nelle tombe e sporadicamente nell'abitato di Manuzza, avvalora la data diodorea del 650 a.C., mentre la ceramica rinvenuta nella zona religiosa di Marinella (sulla collina orientale), risalente all'ultimo quarto del VII secolo a.C., avvalora la data tucididea del 627 a.C. Le due date si potrebbero, secondo il Lepore, conciliare, ipotizzando un iniziale insediamento progressivo in accordo con i gruppi indigeni e, in un secondo tempo, la creazione vera e propria della polis.
Il confine concreto tra spazio urbano, necropoli e campagna fu fissato successivamente con le mura di difesa, la cui costruzione va fatta risalire al VI secolo a.C., per difendere la città contro la minaccia di altre città greche (forse Agrigento) o contro le popolazioni confinanti (Fenicio-Punici, Elimi). Già all'inizio dello stanziamento, sotto l'autorità dell'eroe fondatore (l'oikistès), l'impianto urbano era già ideato e definito: un piano costruttivo generale con i suoi assi, isolati allungati e una rete di strade parallele e perpendicolari, che inglobava in una visione unitaria l'acropoli, i borghi ai lati dell'acropoli e la collina orientale.
Dal tracciato primitivo si passò all'urbanizzazione durante la seconda o terza generazione dopo la fondazione. Lo sviluppo urbano a Selinunte (come nelle altre colonie greche di Sicilia) non si fece a macchia d'olio, ma secondo un processo interno di subordinazione e di articolazione: furono soprattutto l'apparizione e lo sviluppo delle costruzioni monumentali e delle grandi architetture religiose a trasformare il paesaggio di un abitato rurale in un paesaggio urbano vero e proprio. Il processo si sviluppò nel corso del VI e del V secolo a.C., fino agli avvenimenti della fine del V secolo che videro il grande attacco dei Cartaginesi.
Quattro quartieri, quattro evoluzioni
L'evoluzione urbana di Selinunte è stata oggetto di recenti ricerche in quattro quartieri, risultata diversa da un quartiere all'altro.
1) Alla foce del Selinos è stato scoperto (1977) un secondo porto (il primo era sito sul litorale della vallata tra l'acropoli e la collina orientale), con un quartiere di abitazioni o di officine, abitato ininterrottamente dalla fine del VII alla fine del V secolo a.C.
2) Nella zona di Manuzza il tracciato risulta essere stato indipendente, pur se contemporaneo, da quello dell'acropoli, dovendosi adattare alle condizioni topografiche; la strada principale fu allargata a più riprese verso la metà del VI secolo a.C. (da circa 4 a circa 6 metri) con conseguente arretramento delle case. Il quartiere non fu risparmiato dalla distruzione del 409/408 a.C.: le rovine furono livellate e vi fu ricostruito un nuovo abitato con muri fatti, come nel periodo precedente, con piccoli blocchi.
3) Sull'acropoli (nome geograficamente inesatto ma funzionalmente giusto), la parte a nord della strada F venne destinata a zona residenziale collegata con Manuzza, mentre la parte sud era riservata alle funzioni religiose. Le case, costruite in piccole pietre, aprivano a sud sul loro cortile; gli isolati (larghi circa 30 m.) e le strade (larghe 3,25 m.) non variarono mai. L'abitato pare sia stato abbandonato verso la metà del VI secolo a.C.; le abitazioni arcaiche furono distrutte e al loro posto vennero costruiti edifici in grossi blocchi (intorno al 500/480 a.C.).
Nella vasta zona sacra, che comprendeva circa la metà (a sud della strada F) dell'acropoli, sorsero sin dalla fine del VII secolo a.C. elementi cultuali (cappelle votive, are, recinti sacri) il cui orientamento era indipendente da quello dell'impianto urbano — e tale rimase indipendente anche nei due secoli successivi di edificazione.