Le realizzazioni dell'architettura templare meritano alla "città del selinon" di venire annoverata tra i centri più monumentali di tutto il mondo ellenico; e quel che ne resta ne fa il centro archeologico più importante di tutta l'area mediterranea.
A chi visita le rovine di Selinunte è offerta la privilegiata occasione di leggervi, come in un libro aperto, la storia dello sviluppo dell'architettura templare di stile dorico: dall'elemento originario, il megaron (predorico), alle forme più arcaiche del tempio propriamente detto (il tempietto M a Gaggera; il cosiddetto "tempio delle piccole metope" sull'acropoli), a forme meno arcaiche (le grandi strutture monumentali dei templi peristili C e D sull'acropoli, il tempio F sulla collina orientale), attraverso forme di transizione (il tempio G) sino a quelle di perfezione classica (il tempio E). Questi templi, per numero e grandiosità, costituiscono uno dei più vasti complessi monumentali in cui l'architettura dorica abbia fatto ampia applicazione di esperienze: si spiega, ovviamente, l'assoluta prevalenza dello stile dorico col fatto che i coloni fondatori della polis erano di origine peloponnesiaca, i Megaresi.
Per primi, nelle aree sacre apparvero i santuari che potremmo definire "aperti": erano recinti delimitati o no da un muro perimetrale, nei quali sorgevano, con ordine molto approssimativo, edifici piccoli (thesauroi o sacelli, altari di forme diverse, offerte varie). L'assenza di un ampio sviluppo di strutture architettoniche non è indice di una datazione necessariamente molto alta. Questi piccoli edifici sono una delle componenti del paesaggio urbano: non per caso li ritroviamo su alcune delle più belle monete di Selinunte, che presentano sul rovescio un personaggio (dio o eroe) che depone un'offerta su un altare.
Le tre aree di culto
A Selinunte vennero create tre aree di culto, di cui due in santuari aperti.
Il santuario della Malophoros
Ad ovest dell'acropoli, oltre il Selinos, disposto sui fianchi di dune sabbiose, che inizialmente doveva comprendere soltanto alcuni piccoli altari. Questo luogo di culto periferico (che G. Pugliese-Carratelli definisce "santuario pan-sicano", punto d'incontro tra popolazioni indigene, greche e anelleniche) comprendeva il santuario di Demetra Malophoros, accompagnata dalla figlia Kore e associata al culto di Ecate e di Zeus Meilichios. Risale, in base al materiale rinvenuto, alla fine del VII o all'inizio del VI secolo a.C., al momento in cui i coloni sembrano avere occupato la zona del porto alla foce del Selinos.
L'arcaicità del santuario si può sostenere perché il recinto di Zeus Meilichios presenta, accanto all'altare, una caratteristica particolare: depositi votivi seppelliti nella sabbia, il cui posto è segnalato da stele senza nessuna lavorazione. A questo santuario si sovrapposero, nel VI secolo a.C.: un propylon con due facciate in stile in antis, che dava accesso da est; un altare e una cappella, semplice megaron di pianta regolare e senza colonne; più tardi (forse nel V sec. a.C.) il santuario venne delimitato da un muro perimetrale meridionale, costruito in blocchi regolari di tecnica classica. Per attrazione, in prossimità di questo santuario venne ad installarsi, a nord, il cosiddetto tempio M, per il quale non s'è potuto stabilire a quale divinità fosse consacrato.
La zona meridionale dell'Acropoli
Durante il periodo più antico non doveva presentare un aspetto molto diverso dal primo: vari altari dispersi in blocchi regolari (VI-V secolo a.C.). Durante la seconda metà del VI secolo a.C., in una parte di questo santuario venne costruito un temenos dai limiti ben definiti, mentre i settori sud e sud-ovest restarono aperti. All'interno di questo temenos vennero costruiti, verso la metà del VI secolo a.C., i templi peristili C e D, cosicché il semplice santuario aperto si trasformò in santuario a carattere monumentale.
Il gusto per il monumentale si tradusse nella sistemazione dell'estrema parte est dell'acropoli meridionale, dove fu realizzato un vasto spiazzo che metteva in valore le facciate dei templi, sostenuto sui lati est e nord da un magnifico muro a gradini. Nel primo quarto del VI secolo a.C., nel settore sud dell'acropoli furono realizzati i templi A e O — più tardi, nella parte meridionale dell'acropoli, apparvero anche santuari di tipo punico, legati all'abitato più strettamente di quanto non lo fossero quelli greci.
I santuari aperti non si preoccupavano dell'organizzazione dello spazio: gli edifici erano disposti senza ordine, tenendo conto solo delle esigenze rituali (orientamento degli altari) o di quelle imposte dalla topografia. I santuari, e poi i templi, furono per esigenze di rito orientati ad est — un est stabilito nel giorno della messa in opera dell'edificio.